ศาสตราจารย์กิตติคุณ ดร.ฉัตรทิพย์ นาถสุภาได้รับการยกย่องเป็นอย่างสูงได้รับรางวัลและเกียรติคุณมากมายโดยได้รับการยกย่องเป็นนักวิจัยดีเด่นแห่งชาติ สาขาเศรษฐศาสตร์ตั้งแต่ พ.ศ. 2528 ได้รับเกียรติเป็นองค์ปาฐกของปฐกถาป๋วย อึ๊งภากรณ์ (พ.ศ. 2523) , องค์ปาฐกของปาฐกถาปรีดี พนมยงค์ (พ.ศ. 2536) เมธีวิจัยอาวุโส สกว. สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย ช่วยบ่มเพาะสร้างนักวิจัยที่มีคุณภาพสูงแก่ประเทศ (พ.ศ. 2538 และ พ.ศ. 2542) และด้วยความสนใจและการให้ความสำคัญต่อชนบทและท้องถิ่นเป็นอย่างมาก ท่านอาจารย์ฉัตรทิพย์จึงได้รับการยกย่องให้เป็นนักวิจัยดีเด่นของทบวงมหาวิทยาลัย สาขาอาจารย์หรือนักวิชาการในสถาบันอุดมศึกษาที่มีผลงานทางวิชาการที่ก่อประโยชน์ต่อท้องถิ่นอย่างชัดเจนปี พ.ศ. 2540

หลังเกษียณอายุราชการแล้ว ศาสตราจารย์ ดร.ฉัตรทิพย์ยังคงแข็งขันทางด้านวิชาการต่อไปอย่างไม่หยุดยั้ง นอกจากได้รับการแต่งตั้งเป็นศาสตราจารย์กิตติคุณประจำคณะเศรษฐศาสตร์จุในลงกรณ์มหาวิทยาลัยแล้ว ยังได้รับการแต่งตั้งเป็นปรีดี พนมยงค์ ศาสตราภิชานของมหาวิทยาลัยธุรกิจบัณฑิตย์ในเวลาเดียวกันกับการเป็นกิตติเมธีประจำสาขาเศรษฐศาสตร์ ของมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราชด้วย (2548-2550) ศาสตราจารย์กิตติคุณ ดร.ฉัตรทิพย์ ได้รับพระราชทานปริญญากิตติมศักดิ์จากมหาวิทยาลัยที่มีชื่อเสียงของประเทศอีก 2 แห่งคือ ปริญญาสังคมศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ แห่งมหาวิทยาลัยมหิดล (พ.ศ. 2548) และปริญญาเศรษฐศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย (พ.ศ. 2549) นอกจากนี้ ท่านอาจารย์ยังได้รับเกียรติอย่างสูงอีกครั้งหนึ่งให้เป็นองค์ปาฐกของปาฐกถาชุดสิรินธรครั้งที่ 21 เมื่อปี พ.ศ. 2549